Các thị trường tiền tệ Kabul đã phản ứng tích cực trong những tuần đầu tiên của sự chiếm đóng Taliban. Nhưng đồng Afghani Afghanistan đã sớm mất giá trị.[29] Họ áp thuế 50% đối với bất kỳ công ty nào hoạt động trong nước và những người không trả tiền đã bị tấn công.[30] Họ cũng áp thuế nhập khẩu 6% đối với bất kỳ thứ gì được đưa vào nước này,[31] và đến năm 1998 đã kiểm soát các sân bay lớn và cửa khẩu biên giới cho phép họ thiết lập độc quyền trên tất cả các giao dịch.[32] Đến năm 2001, thu nhập bình quân đầu người của 25 triệu dân dưới 200 đô la,[33] và đất nước này gần như sụp đổ kinh tế hoàn toàn.[34] Kể từ năm 2007, nền kinh tế đã bắt đầu phục hồi, với dự trữ ngoại tệ ước tính ba tỷ đô la và tăng trưởng kinh tế tăng 13%.[35]

Nhờ hiệp ước quá cảnh giữa Afghanistan và Pakistan, một mạng lưới lớn để buôn lậu được phát triển. Nó có doanh thu ước tính 2,5 tỷ đô la và Taliban nhận được từ 100 đến 130 triệu đô la mỗi năm.[36] Các hoạt động này cùng với thương mại từ Lưỡi liềm vàng đã tài trợ cho cuộc chiến ở Afghanistan và cũng có tác dụng phụ là phá hủy các ngành công nghiệp khởi nghiệp ở Pakistan.[37] Ahmed Rashid cũng giải thích rằng Thương mại quá cảnh Afghanistan được Pakistan đồng ý là "nguồn thu chính thức lớn nhất cho Taliban."[38]

Giữa năm 1996 và 1999, Mullah Omar đã đảo ngược ý kiến của mình về việc buôn bán ma túy, dường như nó chỉ gây hại cho các kafir. Taliban kiểm soát 96% các cánh đồng thuốc phiện của Afghanistan và biến thuốc phiện thành nguồn thuế lớn nhất.[38] Thuế đánh vào thuốc phiện xuất khẩu trở thành một trong những yếu tố chính của thu nhập Taliban và nền kinh tế chiến tranh của họ.[38] Theo Rashid, "tiền ma túy đã tài trợ vũ khí, đạn dược và nhiên liệu cho chiến tranh."[38] Trên tờ The New York Times, Bộ trưởng Tài chính của Mặt trận Thống nhất, Wahidullah Sabawoon, tuyên bố Taliban không có ngân sách hàng năm nhưng họ " dường như chi 300 triệu đô la Mỹ một năm, gần như tất cả trong số đó cho chiến tranh. " Ông nói thêm rằng Taliban đã ngày càng dựa vào ba nguồn tiền: "thuốc phiện, người Pakistan và bin Laden."[38]

Tuy nhiên, vì điều kiện kinh tế, dường như ông không có nhiều sự lựa chọn, do cuộc chiến tiêu hao tiếp diễn với Liên minh phương Bắc, thu nhập từ việc sản xuất thuốc phiện tiếp tục là tất cả giúp đất nước không bị đói.[39] Đến năm 2000, Afghanistan chiếm khoảng 75% nguồn cung của thế giới và năm 2000 đã tăng khoảng 3276 tấn thuốc phiện từ việc trồng cây thuốc phiện trên 82.171 ha.[40] Vào thời điểm này, Omar đã thông qua một nghị định cấm trồng thuốc phiện và sản lượng giảm xuống còn khoảng 74 tấn trên diện tích 1.685 ha.[41] Nhiều nhà quan sát cho rằng lệnh cấm được đưa ra để đổi lại sự công nhận quốc tế tại Liên Hợp Quốc - chỉ được ban hành để tăng giá thuốc phiện và tăng lợi nhuận từ việc bán các kho dự trữ lớn hiện có.[38] Năm 1999 đã mang lại một vụ mùa kỷ lục và vụ thu hoạch 2000 thấp hơn nhưng vẫn còn lớn.[38] Việc buôn bán hàng tồn kho tích lũy của Taliban tiếp tục vào năm 2000 và 2001.[38] Năm 2002, Liên Hợp Quốc đã đề cập đến "sự tồn tại của một lượng lớn thuốc phiện tích lũy trong những năm trước của vụ mùa bội thu."[38] Vào tháng 9 năm 2001 - trước ngày 11 tháng 9 các cuộc tấn công chống lại Hoa Kỳ - Taliban được cho là đã cho phép nông dân Afghanistan gieo hạt thuốc phiện một lần nữa.[38]

Ngoài ra còn có một sự cố môi trường đối với đất nước, nạn phá rừng nặng nề từ việc buôn bán gỗ bất hợp pháp với hàng trăm mẫu rừng thông và gỗ tuyết tùng ở tỉnh Kunar và Paktya bị chặt phá.[42][43] Trên khắp đất nước, hàng triệu mẫu Anh đã bị phá để cung cấp gỗ cho thị trường Pakistan mà không có nỗ lực tái trồng rừng,[44] đã dẫn đến thiệt hại đáng kể về môi trường.[45] Đến năm 2001, khi Cơ quan lâm thời Afghanistan nắm quyền lực, cơ sở hạ tầng của đất nước bị hủy hoại, Viễn thông đã tê liệt, mạng lưới đường bộ bị phá hủy và các tòa nhà của Bộ Tài chính rơi vào tình trạng xuống cấp, một số đang trên bờ vực sụp đổ.[46] Vào ngày 6 tháng 7 năm 1999, tổng thống Bill Clinton đã ký vào lệnh hành pháp có hiệu lực 13129. Lệnh này đã thực thi lệnh cấm hoàn toàn đối với bất kỳ giao dịch nào giữa Mỹ và chế độ Taliban và vào ngày 10 tháng 8, họ đã đóng băng 5.000.000 bảng tài sản Ariana.[47] Vào ngày 19 tháng 12 năm 2000, nghị quyết 1333 của Liên Hợp Quốc đã được thông qua. Nó kêu gọi tất cả các tài sản cần bị đóng băng và cho tất cả các bang đóng cửa bất kỳ văn phòng nào thuộc Taliban. Điều này bao gồm các văn phòng của Ariana Afghan Airlines.[48] Năm 1999, Liên Hợp Quốc đã thông qua nghị quyết 1267 đã cấm tất cả các chuyến bay quốc tế của Ariana ngoài các nhiệm vụ nhân đạo được phê duyệt trước.[49]